2만년 후의 지구에 돌아와 필사적인 전투로 고질라를 쓰러트리는 것에 성공하는 인류.
그러나 기쁨도 잠시, 지구 깊은 곳에서 고질라 어스가 나타나고, 인류는 뿔뿔이 흩어져 버린다.
인류 생존의 희망과도 같은 후츠아와 만난 인류는 21세기에 그들이 후지산에서 대 고질라 결전병기의 개발을 하고
기동 직전에 파괴된 메카고질라의 개발 계획이 지금까지 남아있다는 것을 안다.
그곳에서 인류는 메카고질라의 잔해에서 새로운 무기요새 도시 메카 고질라시티를 세우고
고질라 어스와의 전쟁을 계획하지만….
